在反渗透膜分离设备运行期间，由于沉淀物，胶状物质，有机物和微生物的存在以及原水中不溶物的沉积，使反渗透膜的表面沉积。这通过膜分离过程引起反渗透膜的污染。

　　示例：不正确的预处理，不合理的设备操作等：

　　配备有该系统的预处理单元不适合原水质量和流量，或者没有配备必要的过程设备和系统的过程链接。预处理器无法正常工作。换句话说，系统的原始预处理设备具有SDI配置和原始浊度。粘合剂等的去除能力低，预处理效果不令人满意。系统选择了不合适的设备或未正确选择设备材料；间歇运行或系统关闭后，设备未采取适当的保护措施；运营管理人员未进行合理的设备操作。

　　膜分离系统中不溶性沉淀物的长期积累；来源的组成已发生很大变化，或者来源的特征发生了根本性的变化。反渗透膜系统经历了严重的微生物污染等。

　　反渗透膜的污染会降低膜的性能，例如减少系统水的产生和增加盐的渗透性。但是，在使用反渗透设备时，应格外小心，因为膜特性（压力，温度等）的变化可能会被其他因素掩盖。

　　反渗透膜分离系统配备了预处理设备，可去除尽可能多的材料，从而造成膜污染，但是即使在使用过程中未完全污染膜，也应清洁反渗透系统。

　　实践表明，不除去引起一定程度污染的反渗透系统，很难完全除去附着在膜表面的污染物。

　　如果反渗透系统显示以下现象，则需要进行化学或物理清洁。

　　在正常的供水压力下，产水量比正常水平低10-15％，产品水质下降10-15％，盐渗透性提高10-15％。

　　为了维持正常的水生产，温度补偿的供水压力增加10-15％，膜分离系统压力差增加，并且压力差比初始压力差高15-20％。