菠萝蛋白酶广泛存在于菠萝的果实、芽、叶、茎中，从菠萝的果实中提取的成为果菠萝蛋白酶，从菠萝的茎中提取的成为茎菠萝蛋白酶。菠萝蛋白酶的分子量为33kDa，是典型的巯基蛋白酶，能分解蛋白质、肽、酯、酰胺。它水解蛋白的活性比木瓜蛋白酶的活性高10倍以上，因此有着广泛的用途。它作为食品添加剂可用于肉质嫩化、啤酒澄清，还可用于干酪、明胶、水解蛋白酶的生产。提取菠萝蛋白酶的传统工艺有3种：有机溶剂沉淀法、单宁沉淀法和高岭土吸附法。这三种方法虽然生产工艺简单、投资少，但是工艺周期长，菠萝汁容易变质。而且，单宁和有机溶剂会使酶变性，产品活性不高;高岭土吸附法的生产工艺和操作都很复杂，原材料消耗量大，酶的活性和总收率较低，且高岭土的产地对吸附法有着很大的影响。

超滤法提取菠萝蛋白酶的主要工艺操作包括以下几步：

压榨：将菠萝茎洗净，用压榨机压出汁液，加入0.05%的苯甲酸钠防腐，经卧螺+碟分迅速过滤除杂质;

超滤分离浓缩：将澄清汁液在超滤设备中浓缩分离，使体积浓缩至原体积的1/5;

沉淀：将浓缩液降温至0-4℃，边搅拌边加入-20℃95%的乙醇，直至混合液中的乙醇浓度为50%，静置使酶沉淀，移出上清液，即得湿酶;

干燥：将湿酶在0℃下减压干燥或冷冻真空干燥即得菠萝蛋白酶精品。